在研项目：

1. 自然科学基金面上项目，"结合机器学习与统计热力学原理的自由能计算方法"（课题负责人，2025-2028）；

2. 自然科学基金面上项目，"二维材料异天然无序蛋白质的别构效应：基于构象系综的研究"（课题负责人，2023-2026）；

已结题项目：

1. 自然科学基金面上项目，"二维材料异质结构中的层间电荷与能量转移的计算研究"（课题负责人，2018-2021。已结束）；

2. 自然科学基金重点项目，"蛋白质别构调控机制研究"（参加，2017-2021。已结束）；

3. 973计划项目，"基于蛋白质调控网络的系统生物学研究"（参加，2015-2019。已结束）；

4. 自然科学基金面上项目，"石墨烯迁移率的计算研究"（课题负责人，2014-2017。已结束）；

5. 自然科学基金面上项目，"天然无序蛋白质的结合动力学特性及序列－结构关系"（课题负责人，2010-2012。已结束）；

6. 973计划项目，"基于蛋白质结构与相互作用的计算生物学研究"（课题负责人，2009-2013。已结束）；

7. 自然科学基金创新研究群体项目，"生物网络研究"（参加，2008-2013。已结束）；

8. 中央高校基本科研业务费专项基金，"石墨烯剪纸电子学研究"（参加，2009-2010。已结束）；

9. 教育部留学回国人员科研启动基金，"动力学过程数值模拟中的加速算法研究"（负责人，2008-2010。已结束）。