《理论与计算化学（I）：分子模拟的原理与应用》研究生课程

学分：2； 学时：32。主讲人：刘志荣 教授。

基本目的：

    分子力学（molecular mechanics，又叫力场方法 force field method）采用经典力学来描述分子体系，利用计算机技术计算分子的构象、能量及其他热力学与动力学性质。它广泛应用于计算化学、计算生物学、材料科学等领域。本课程主要是介绍分子力学模拟的方法原理与常用技术，使同学们掌握阅读并理解文献中与分子模拟相关的内容所需的背景知识，也为有兴趣从事分子模拟研究的人提供一个基础训练。

    The purpose of the course is to prepare students to read and interpret the molecular modeling literature and to apply molecular modeling in their research.

参考书目：

1、Andrew R. Leach, Molecular modeling: principles and applications, 2nd ed., Pearson Education, Harlow, 2001.

2、蛋白质结构预测与分子设计，来鲁华等，永利集团出版社，1993。

3、陈敏伯，计算化学—从理论化学到分子模拟，科学出版社，北京，2009。

4、Jonathan M. Goodman, Chemical applications of molecular modeling, The royal society of chemistry, Cambridge, 1998.

内容提要：

* 分子力学模拟概论

* 分子力学力场的形式, 力场的参数化

* 能量极小化

* 分子构象分析方法

* 分子动力学

* 蒙特卡罗模拟

* 分子结构的自动构建

* 静电计算与溶剂化模型

* 自由能计算

* 分子间相互作用，分子对接

* QM/MM

* 专题：分子模拟方法在药物设计中的应用